Câu chuyện phim Đại Náo Kim Các Tự xảy ra ở đời nhà Minh, khi hoàng đế lâm bệnh nặng và đến thăm Gia Việt Tự. Tại đây ông gặp một tiểu hoà thượng vô cùng ngổ ngáo ham vui nhưng rất thông minh Bất Đổng. Không biết tại sao nhà vua lại thấy rất thích tiểu hòa thượng này. Trước khi ông rời khỏi chùa, ông nhờ Bất Đổng tìm chủ nhân của cây hoa trà Thập Bát Học Sĩ mà ông yêu thích, ông linh cảm, chỉ có Bất Đổng mới có thể giúp ông… Bất Đổng lên đường làm theo yêu cần của vua, vào làm việc tại Quan tự tại thư viện với lũ học trò vô cùng ngỗ nghịch, cầm đầu là Ưng HạcTự và Hạng Thiếu Học…. Với phương pháp vô cùng không giống ai, Bất Đổng đã cảm hóa được lũ học trò tinh quái cùng với tình yêu của Hạc Tự. Lúc này, anh đối phó với âm mưu phản quốc của Ninh Vương chống lại Chu Chính vừa mới lên ngôi. Cùng với sự trợ giúp của Bất Đổng, giang sớn Đại Minh được thái bình… Cây muốn lặng mà gió chẳng muốn ngừng, Bất Đổng chính là con trai thứ hai của cố hoàng đế, tức là anh của Chu Chính, Bất Đổng sẽ làm sao???